Les forces françaises stationnées sur le territoire de la République de Djibouti sont placées sous le commandement d'un officier général ou supérieur, qui porte le titre de commandant des forces françaises stationnées à Djibouti.
Cet officier relève directement du chef d'état-major des armées.
Il exerce personnellement le commandement des forces de son armée d'appartenance.
Il dispose de deux officiers supérieurs adjoints qui exercent respectivement le commandement des forces de chacune des deux autres armées.
Il peut disposer d'un adjoint, officier supérieur de son armée d'appartenance, pour exercer le commandement des forces de cette armée, lorsque le volume desdites forces le justifie.