Le conseil stratégique de l'agriculture et de l'agro-industrie durables est assisté, pour conduire ses travaux, d'un secrétariat assuré par un secrétaire général et un secrétaire adjoint, choisis parmi les fonctionnaires du ministère de l'agriculture et de la pêche et nommés par arrêté du ministre de l'agriculture et de la pêche.