Le préfet est chargé, pour le compte de l'organisme payeur au sens de l'article 6 du règlement (CE) n° 1290/2005 du Conseil du 21 juin 2005 relatif au financement de la politique agricole commune, de l'instruction des demandes d'aides et de l'application, lors du calcul du montant des aides à verser, des réductions et exclusions prévues au titre du présent chapitre ainsi que par l'article 29 du règlement (CE) n° 1782/2003 du Conseil du 29 septembre 2003 et des articles 21, 21 bis, 51 à 54 bis, 59 et 60 du règlement (CE) n° 796/2004 de la Commission du 21 avril 2004 susmentionnés.
Les modalités d'exercice de ces missions sont établies par convention conclue entre le ministre chargé de l'agriculture et l'organisme payeur.