Une convention passée entre l'Etat et le Centre national pour l'aménagement des structures des exploitations agricoles (CNASEA) régit les conditions dans lesquelles le Centre national pour l'aménagement des structures des exploitations agricoles verse les sommes accordées par l'Etat au titre des contrats Natura 2000.
Le CNASEA rend compte de cette activité au ministre chargé de l'environnement et au ministre chargé de l'agriculture dans les conditions prévues à l'article R. 313-14 du code rural, ainsi qu'au ministre chargé des pêches maritimes et de l'aquaculture.