Chaque conseil de la fonction militaire dispose d'un secrétariat permanent dirigé par un secrétaire général, officier supérieur, désigné par le ministre de la défense.
Le secrétaire général assiste aux sessions, mais ne participe pas aux votes.
Les secrétaires généraux des conseils de la fonction militaire relèvent directement des vice-présidents mentionnés à l'article R. 4124-8.
Le ministre peut déléguer sa signature aux secrétaires généraux pour les besoins du fonctionnement des conseils de la fonction militaire.