S'il apparaît au contrôleur que la gestion de l'académie remet en cause la soutenabilité de l'exécution budgétaire ou la couverture des charges obligatoires ou inéluctables, il en informe le président et le secrétaire perpétuel de l'académie par écrit. Le président et le secrétaire perpétuel de l'académie lui font connaître dans la même forme les mesures qu'ils envisagent de prendre pour y remédier.
Le contrôleur peut, en concertation avec le président et le secrétaire perpétuel de l'académie et, le cas échéant, sur leur proposition ou sur celle du ministre de la défense, mettre en place un renforcement des contrôles pour une durée limitée. Il en rend compte au ministre chargé du budget.