La présidence des groupes de section est assurée par le ministre chargé de l'enseignement supérieur ou son représentant. La vice-présidence de ces groupes est assurée par le directeur chargé des hôpitaux au ministère chargé de la santé ou son représentant.
Le ministre chargé de l'enseignement supérieur peut réunir des intersections constituées par des représentants de sections ou de sous-sections désignés en nombre égal par chacune de ces sections ou sous-sections, après avis des bureaux des sections concernées.
Les membres de chaque intersection du Conseil national des universités pour les disciplines médicales, odontologiques et pharmaceutiques élisent en leur sein, au scrutin uninominal majoritaire à deux tours, un président choisi parmi les professeurs de l'intersection. En cas d'absence ou d'empêchement, il est suppléé par le professeur le plus ancien, dans le grade le plus élevé, présent à la séance.