L'Office national interprofessionnel des produits de la mer et de l'aquaculture (OFIMER) est désigné comme organisme intermédiaire au sens de l'article 58 du règlement (CE) n° 1198/2006 du Conseil du 27 juillet 2006 susvisé. Il est chargé de la gestion et du paiement des aides du Fonds européen pour la pêche au titre de la programmation 2007-2013, visés au point 11.4.3 du programme opérationnel susvisé.
Les modalités d'exécution des missions confiées à l'OFIMER sont précisées par voie de convention entre l'office et la direction des pêches maritimes et de l'aquaculture du ministère de l'agriculture et de la pêche.