Les représentants des salariés et des employeurs siégeant à la commission permanente sont désignés par arrêté du ministre chargé du travail. Cet arrêté est pris sur proposition de leurs organisations respectives, parmi les membres titulaires ou suppléants du Conseil supérieur.
Le représentant des entreprises publiques est désigné après consultation du Mouvement des entreprises de France (MEDEF).