L'Agence nationale pour l'emploi et ses filiales sont soumises au contrôle économique et financier de l'Etat dans les conditions prévues par le décret n° 55-733 du 26 mai 1955 relatif au contrôle économique et financier de l'Etat.
Un membre du corps du contrôle général économique et financier assure le contrôle de l'institution.