Le comité opérationnel dispose d'un secrétariat permanent, assuré par un agent, fonctionnaire ou militaire compétent en matière de lutte contre le travail illégal, conjointement désigné par le préfet et le procureur de la République, avec l'accord de son autorité hiérarchique lorsqu'elle ne relève pas elle-même de l'autorité du préfet.
Le secrétaire permanent reste statutairement rattaché à son corps d'origine et conserve par ailleurs ses prérogatives de contrôle.