L'autorité chargée du contrôle financier sur les instituts nationaux de jeunes sourds et de jeunes aveugles, ci-après dénommée « le contrôleur », exerce une mission générale de surveillance de la gestion de chacun des établissements. Elle contribue notamment, en vue de leur prévention, à l'identification des risques financiers, directs ou indirects, auxquels chacun des établissements est susceptible d'être confronté. A cette fin, elle s'appuie sur une analyse des risques et de la performance de chacun des établissements.
Dans ce cadre, le contrôleur peut évaluer, en liaison avec les instituts nationaux de jeunes sourds et de jeunes aveugles, les circuits et procédures mis en place. Il coordonne son intervention avec celle de l'agent comptable au titre du contrôle allégé partenarial.