La comptabilité du groupement est tenue et sa gestion assurée selon les règles du droit privé sauf si les parties contractantes ont fait le choix de la gestion publique ou si le groupement n'est constitué que de personnes morales de droit public.
Dans ces deux dernières hypothèses, les dispositions du décret n° 62-1587 du 29 décembre 1962 portant règlement général sur la comptabilité publique relatives aux établissements publics à caractère industriel et commercial dotés d'un agent comptable sont applicables. Dans ce cas, l'agent comptable est nommé par arrêté du ministre chargé de l'éducation, du ministre chargé de l'enseignement supérieur ou du ministre chargé de l'agriculture et du ministre chargé du budget.