Les préfets sont institués ordonnateurs secondaires pour le paiement des dépenses auxquelles donne lieu l'application des textes réglant les rapports entre l'Etat et les établissements d'enseignement privés.
Les préfets peuvent déléguer leur signature soit au recteur d'académie, soit à l'inspecteur d'académie, directeur des services départementaux de l'éducation nationale.