Les opérations financières et comptables de l'Agence pour l'enseignement français à l'étranger sont effectuées conformément aux dispositions de l'article 60 de la loi n° 63-156 du 23 février 1963 de finances pour 1963, des articles 14 à 25 du décret n° 53-1227 du 10 décembre 1953 relatif à la réglementation budgétaire applicable aux établissements publics à caractère administratif ainsi que des articles 1er à 62 et 151 à 189 du décret n° 62-1587 du 29 décembre 1962 modifié portant règlement général sur la comptabilité publique.