Il est créé un conseil d'établissement, présidé par le directeur général et composé des directeurs des enseignements et de la recherche, de l'ingénierie de formation, des affaires administratives et financières, du chef de cabinet, de quatre représentants des formateurs, trois représentants du personnel d'administration et de service et trois représentants des personnels en formation initiale désignés par leurs pairs.
Organisme consultatif, il peut connaître de toutes questions relatives à la formation et au fonctionnement de l'Ecole nationale de protection judiciaire de la jeunesse (1).
Il se réunit à la demande de son président ou du tiers de ses membres et au moins deux fois par an.