Le contrôleur budgétaire et comptable ministériel des ministères de l'éducation nationale et de l'enseignement supérieur et de la recherche est désigné pour exercer le contrôle financier des établissements publics administratifs suivants :
― Académie des technologies ;
― Agence nationale de la recherche ;
― Centre international d'études pédagogiques ;
― Centre national de documentation pédagogique ;
― Centre national de la recherche scientifique (EPST) ;
― Centre national d'enseignement à distance ;
― Centre national des œuvres universitaires et scolaires ;
― Centre national du machinisme agricole, du génie rural, des eaux et des forêts (EPST) ;
― Etablissement public d'aménagement universitaire ;
― Etablissement public du campus de Jussieu ;
― Institut de recherche pour le développement (EPST) ;
― Institut des hautes études pour la science et la technologie ;
― Institut national de la recherche agronomique (EPST) ;
― Institut national de la santé et de la recherche médicale (EPST) ;
― Institut national de recherche en informatique et en automatique (EPST) ;
― Institut national de recherche pédagogique ;
― Institut national d'études démographiques (EPST) ;
― Office national d'information sur les enseignements et les professions.