Les représentants du personnel au sein de la commission sont élus au scrutin de liste à deux tours avec représentation proportionnelle. Au premier tour de scrutin, les listes sont présentées par les organisations syndicales représentatives au sein de la fonction publique d'Etat (au titre de l'article 14 de la loi du 11 janvier 2004 ou selon les critères de l'article 133-2 du code du travail).