La réserve nationale de chasse et de faune sauvage du golfe du Morbihan poursuit les objectifs mentionnés à l'article R. 422-94 du code de l'environnement, et plus particulièrement les actions ainsi déclinées dans son programme de gestion :
― la mise en œuvre de mesures de protection et de gestion des populations d'oiseaux migrateurs et de leurs habitats, en application des engagements pris au titre de la convention de Ramsar et de l'arrêté ministériel portant désignation du golfe du Morbihan comme zone de protection spéciale au sein du réseau Natura 2000 ;
― l'initiative d'études ou la participation aux études portant sur la biologie et la dynamique des populations d'oiseaux d'eau, à l'échelle locale ou à l'échelle de réseaux intersites ;
― l'institution d'un partenariat avec les collectivités locales, les administrations déconcentrées de l'Etat, les usagers, les professionnels et tous autres acteurs de la conservation des espèces et de leurs habitats. Ce partenariat favorise l'adoption des différentes mesures ― notamment de nature réglementaire et financière ― contribuant à l'amélioration des capacités d'accueil de l'avifaune migratrice et nicheuse sur l'aire de la réserve nationale ;
― la formation et la sensibilisation des élus et des usagers aux objectifs de protection et de gestion de la réserve.