L'assemblée générale du comité comprend l'ensemble des membres mentionnés à l'article 1er. Toutefois, les opérateurs membres du comité ne peuvent siéger à l'assemblée que s'ils sont à jour du paiement des marques d'identification mentionnées à l'article 5 de la loi du 1er août 1957 susvisée.
Assistent également aux réunions de l'assemblée générale, avec voix consultative, les personnalités suivantes :
― les directeurs départementaux de l'agriculture et de la forêt de l'Ain, du Jura et de Saône-et-Loire ou leurs représentants ;
― les directeurs départementaux de la consommation de la concurrence et de la répression des fraudes de l'Ain, du Jura et de Saône-et-Loire ou leurs représentants ;
― les directeurs départementaux des services vétérinaires de l'Ain, du Jura et de Saône-et-Loire ou leurs représentants ;
― le responsable local de l'Institut national de l'origine et de la qualité (INAO) ;
― les présidents des chambres d'agriculture de l'Ain, du Jura et de Saône-et-Loire.
L'assemblée générale approuve le règlement intérieur du comité, son programme d'action, son budget annuel, les comptes financiers, le bilan, le rapport moral du président, ainsi que le rapport d'activité du comité.