La répartition entre les communes des ressources de la section de fonctionnement est constatée par arrêté du préfet de Mayotte au vu des montants provisoires et définitifs de ces ressources.
A compter de 2008, les montants ainsi constatés et répartis sont attribués par versements mensuels à chaque commune.
A compter de 2008, pour l'application de l'article LO 6175-2 du code général des collectivités territoriales, le versement du budget de la collectivité départementale de Mayotte au fonds intercommunal de péréquation s'effectue mensuellement au plus tard le 15 de chaque mois.