Le conseil d'administration de l'agence comprend, outre son président :
1° Huit membres représentant l'Etat désignés par les ministres chargés :
-de l'immigration ;
-de l'intégration ;
-de l'emploi ;
-des affaires étrangères ;
-de l'agriculture ;
-de l'éducation nationale ;
-de la santé ;
-du budget.
2° Deux représentants du personnel élus dans les conditions fixées par le chapitre II du titre II de la loi n° 83-675 du 26 juillet 1983 relative à la démocratisation du secteur public.
3° Cinq personnalités qualifiées désignées, en raison de leur expérience dans les domaines de compétence de l'agence, par les ministres chargés de l'emploi et de l'immigration.
Le président est nommé par décret pour une durée de trois ans renouvelable sur proposition du ministre chargé de l'immigration. Il est assisté de deux vice-présidents : le représentant du ministre chargé de l''immigration et une personnalité qualifiée désignée en son sein par le conseil d'administration.
Les membres du conseil d'administration mentionnés aux 2° et 3° ci-dessus sont nommés pour une durée de trois ans, renouvelable une fois, par arrêté du ministre chargé de l'immigration. Chaque membre du conseil, hormis les personnalités qualifiées, dispose d'un suppléant désigné et nommé dans les mêmes conditions.
Toute vacance, pour quelque cause que ce soit ou perte de la qualité au titre de laquelle les membres du conseil ont été désignés, donne lieu à remplacement dans les mêmes conditions dans un délai de deux mois à compter de cette vacance, pour la durée du mandat restant à courir.