Dès réception d'un dossier complet et avant ouverture de l'enquête, le préfet soumet ce dossier à l'avis des départements et à l'établissement public territorial de bassin intéressés, ainsi qu'au président de la commission locale de l'eau, si l'opération est située ou exerce un effet dans le périmètre d'un schéma d'aménagement et de gestion des eaux approuvé.
Lorsque la délivrance ou le passage de tout ou partie de ce débit affecté est permise par un aménagement autorisé ou concédé en application de la loi du 16 octobre 1919 relative à l'utilisation de l'énergie hydraulique, le préfet soumet également le dossier à l'avis du permissionnaire ou du concessionnaire ainsi qu'à l'autorité concédante.
Les avis sont réputés favorables s'ils ne sont pas émis dans un délai de trois mois à compter de la réception du dossier.