Les membres du comité et de son secrétariat ainsi que les rapporteurs peuvent prétendre au remboursement des frais de déplacement qu'ils sont susceptibles d'engager à l'occasion de missions exécutées pour le compte du comité dans les conditions prévues par le décret n° 2006-781 du 3 juillet 2006 susvisé.
Un arrêté conjoint des ministres chargés de l'énergie, du budget, de la fonction publique et de l'environnement fixe le taux unitaire des vacations horaires des membres du comité technique permanent des barrages et des ouvrages hydrauliques et de ses rapporteurs, le nombre maximal de vacations horaires allouées par rapport et le nombre maximal de vacations horaires susceptibles d'être allouées annuellement à un même rapporteur.