Les membres de la commission sont nommés jusqu'au 9 juin 2009 renouvelable, par arrêté du ministre chargé des transports.
La présidence de la commission est assurée par le directeur des transports ferroviaires et collectifs ; elle peut être déléguée à un membre du conseil général des ponts et chaussées désigné sur proposition de son vice-président.
Le secrétariat de la commission est assuré par la direction des transports ferroviaires et collectifs (sous-direction de la sécurité, de l'organisation et des affaires européennes et internationales des transports ferroviaires et collectifs).