La fixation du montant annuel des remises de gestion est prévue par un contrat pluriannuel de gestion couvrant la période de chaque convention d'objectifs et de gestion. Le contrat correspondant à cette période est négocié entre les parties et est conforme à un contrat type approuvé par le ministre chargé de la sécurité sociale, en accord avec le ministre chargé du budget.
Dans ce contrat, le montant annuel des remises est déterminé par référence au coût de gestion moyen constaté dans les organismes d'assurance maladie, caisses primaires et centres de traitement informatique, à partir du nombre de bénéficiaires ayant perçu dans l'année des prestations d'assurance maladie ou maternité.
Un coefficient de réalisation fixé par voie conventionnelle au sein de ce contrat permet de tenir compte de la différence entre les charges de travail d'une mutuelle de fonctionnaires pour la gestion du régime général de sécurité sociale et celles d'une caisse primaire pour l'ensemble de ses activités.
En cas de désaccord entre les parties, les dispositions applicables sont prises par arrêté interministériel.
Le montant maximal des remises de gestion par bénéficiaire actif ne peut être supérieur au coût de gestion du régime de base tel que mis en évidence par la comptabilité analytique des mutuelles.