La direction de l'administration pénitentiaire comprend :
1. La sous-direction de l'état-major de sécurité, dont les attributions sont réparties en trois bureaux :
- le bureau de gestion de la détention ;
- le bureau de la sécurité pénitentiaire ;
- le bureau du renseignement pénitentiaire.
2. La sous-direction des personnes placées sous main de justice, dont les attributions sont réparties en quatre bureaux :
- le bureau des études, de la prospective et des méthodes ;
- le bureau des politiques sociales et d'insertion ;
- le bureau du travail, de la formation et de l'emploi ;
- le bureau de l'action juridique et du droit pénitentiaire.
3. La sous-direction de l'organisation et du fonctionnement des services déconcentrés, dont les attributions sont réparties en cinq bureaux et deux missions :
- le bureau du budget, de la comptabilité et des finances ;
- le bureau de l'organisation des services ;
- le bureau des affaires immobilières ;
- le bureau des systèmes d'information ;
- le bureau de l'évaluation, du contrôle de gestion et des achats ;
- la mission pour la gestion déléguée des établissements pénitentiaires ;
- la mission de coordination pour l'ouverture des nouveaux établissements.
4. La sous-direction des ressources humaines et des relations sociales, dont les attributions sont réparties en cinq bureaux :
- le bureau des relations sociales ;
- le bureau des affaires statutaires des personnels pénitentiaires ;
- le bureau de la gestion prévisionnelle des effectifs, des emplois et des compétences ;
- le bureau de la gestion des personnels et de l'encadrement ;
- le bureau de la gestion personnalisée des cadres ;
5. Le bureau des affaires générales.