Le secrétariat de la commission est assuré par un représentant de l'administration.
Un représentant des personnels est désigné par la commission en son sein pour assurer les fonctions de secrétaire adjoint.
Pour l'exécution des tâches administratives, le secrétaire peut être aidé d'un ou plusieurs agents qui assistent aux séances.
A l'issue de chaque réunion, l'administration dresse un relevé des avis rendus par la commission. Ce relevé mentionne, pour chaque situation examinée au cours de la réunion, la catégorie de reclassement projetée par le directeur de l'agence de l'eau employeuse, l'avis rendu par la commission, et le détail de la répartition des voix lors du vote.