L'indemnité de fonctions et d'objectifs n'est pas versée pendant les périodes d'enseignement théorique à l'Ecole nationale d'administration pénitentiaire.
Les élèves directeurs des services pénitentiaires et les directeurs des services pénitentiaires stagiaires peuvent percevoir l'indemnité de fonctions et d'objectifs dans les mêmes conditions que les fonctionnaires titulaires pendant les périodes de stages pratiques qu'ils accomplissent dans les services centraux et déconcentrés de l'administration pénitentiaire, sous réserve d'y exercer effectivement leurs fonctions.