Toutes les dépenses doivent être liquidées et ordonnancées au cours de l'exercice auquel elles se rattachent. Elles sont réglées par l'agent comptable sur ordre du médiateur ou après avoir été acceptées par ce dernier. Les ordres de dépenses sont appuyés des pièces justificatives nécessaires, notamment des factures, mémoires, marchés, baux ou conventions. L'acceptation de la dépense revêt la forme soit d'une mention datée et signée, apposée sur le mémoire, la facture ou toute pièce en tenant lieu, soit d'un certificat séparé d'exécution de service, l'une ou l'autre précisant que le règlement peut être valablement opéré pour la somme indiquée.
L'agent comptable peut payer sans ordonnancement préalable ou avant service fait certaines catégories de dépenses, dans les conditions prévues par le règlement comptable et financier.