Les comptes du médiateur national de l'énergie sont établis selon les règles du plan comptable général.
Celui-ci peut faire l'objet d'adaptations proposées par le médiateur et approuvées par le ministre chargé du budget.
L'agent comptable établit un compte financier au terme de chaque exercice. Le compte financier comprend le compte de résultat, le bilan, l'annexe, la balance générale des comptes à la clôture de l'exercice, le tableau de rapprochement des prévisions et des réalisations et, le cas échéant, la balance des comptes spéciaux.
Le compte financier est préparé par l'agent comptable et soumis par le médiateur au ministre chargé du budget, qui l'arrête. Il est transmis à la Cour des comptes par le médiateur, accompagné des décisions des ministres précisées dans le décret du 19 octobre 2007 susvisé et de tous les autres documents demandés dans les quatre mois qui suivent la clôture de l'exercice.
Le rapport annuel inclut une présentation du compte financier et reproduit le compte de résultat et le bilan. Il inclut également un bilan des actions d'information du médiateur et de son action de règlement des litiges.