L'établissement est administré par un conseil de dix-huit membres composé de :
1° Douze représentants des collectivités territoriales ou de leurs groupements, désignés par leur organe délibérant parmi ses membres :
― un représentant pour le conseil régional des Pays de la Loire ;
― sept représentants pour le conseil général de Vendée ;
― un représentant pour la communauté de communes du Pays Yonnais ;
― un représentant pour la communauté de communes des Olonnes ;
― un représentant pour la communauté de communes du Pays de Fontenay-le-Comte ;
― un représentant pour la communauté de communes du canton de Mortagne-sur-Sèvre.
2° Trois représentants des chambres consulaires :
― un représentant pour la chambre de commerce et d'industrie de la Vendée ;
― un représentant pour la chambre d'agriculture de Vendée ;
― un représentant pour la chambre de métiers et de l'artisanat de Vendée.
3° Trois représentants de l'Etat :
― le préfet de Vendée ou son représentant ;
― le trésorier-payeur général du département de Vendée ;
― le directeur départemental de l'équipement du département de Vendée.
Les représentants de l'Etat ne prennent pas part au vote lors de l'examen de la délibération fixant le montant de la ressource fiscale prévue à l'article 1607 ter du code général des impôts.
Le préfet de Vendée publie par arrêté la liste nominative des membres du conseil d'administration.