Le commissaire du Gouvernement auprès du groupement d'intérêt public est désigné par le préfet de région sur proposition du directeur régional du travail, de l'emploi et de la formation professionnelle. Il peut se faire représenter.
Le commissaire du Gouvernement ou son représentant assiste aux séances de toutes les instances de délibération et d'administration du groupement.
Il dispose d'un droit de veto suspensif de quinze jours sur les décisions. Pendant ce délai, l'autorité qui a pris la décision procède à un nouvel examen.
Il a communication de tous les documents relatifs au groupement et possède un droit de visite dans les locaux appartenant au groupement ou mis à sa disposition.
Il informe les administrations dont relèvent les établissements membres du groupement.
Le recrutement de personnel propre par le groupement est soumis à l'approbation du commissaire du Gouvernement.