Le budget de la Chambre nationale de la batellerie artisanale est voté chaque année par le conseil d'administration. Il est soumis à l'approbation des ministres chargés des transports et du budget.
Si des dépenses obligatoires n'ont pas été portées au budget, elles sont inscrites d'office par le ministre chargé des transports.
Si le budget n'a pas été voté par le conseil d'administration avant le 1er février de l'année d'exécution, il est établi d'office par arrêté conjoint du ministre chargé des transports et du ministre chargé du budget.
En cas de carence de la Chambre nationale, les dépenses obligatoires sont ordonnancées et mandatées d'office par le ministre chargé des transports.
Avant le 1er juin de chaque année, le conseil d'administration adopte le compte de gestion de l'exercice précédent.
Le président du conseil d'administration soumet au plus tard, le 30 juin de chaque année, à l'approbation des ministres chargés des transports et du budget le compte de gestion de l'année précédente et, le cas échéant, le tableau d'amortissement des emprunts contractés par la chambre nationale.