Le service de l'eau est constitué par :
A) - Une sous-direction de la coordination et de la programmation qui comprend :
- une cellule coordination interministérielle ;
- une cellule plan et programmation et gestion économique et financière de l'eau ;
- une cellule suivi financier des agences ;
- une cellule suivi technique et administratif des agences ;
- une cellule gestion du personnel des agences.
B) - Une sous-direction de la qualité des eaux continentales,
et marines qui comprend :
- un bureau de l'assainissement ;
- un bureau de la police des rejets ;
- un bureau des eaux marines et des affaires internationales ;
- un bureau des réseaux de mesure ;
- un bureau des eaux souterraines.
C) - Une sous-direction de l'aménagement des eaux qui comprend :
- un bureau de l'hydrométrie et de protection contre les eaux ;
- un bureau de la gestion du domaine public fluvial et de l'aménagement des eaux ;
- un bureau du contentieux et des affaires juridiques.
D) - Une division des affaires générales qui comprend :
- une cellule gestion des moyens du service ;
- une cellule information, formation.
E) - Une division informatique qui comprend :
- une cellule équipement et gestion des matériels ;
- une cellule gestion informatique des réseaux.