L'institution financière mentionnée au troisième alinéa de l'article L. 340-2 est chargée de regrouper les fonds, de gérer et de verser les subventions et avances sur subventions prévues à l'article R. 340-2 aux bénéficiaires énumérés au II de ce même article.
Les contributeurs ne peuvent avoir recours à un emprunt auprès de cette même institution financière pour assurer les ressources des fonds régionaux d'aménagement foncier et urbain.
Sur la base d'une convention-cadre, chaque contributeur au fonds régional d'aménagement foncier et urbain signe avec cette institution financière une convention qui précise les modalités d'approvisionnement des fonds ainsi que de versement des subventions et des avances sur subventions, les conditions de gestion de l'institution, les moyens de contrôle ainsi que de compte rendu de la situation comptable des fonds régionaux d'aménagement foncier et urbain.