Cette caisse est administrée par un conseil d'administration de vingt-deux membres composé comme suit :
- onze représentants des entreprises participantes ;
- onze représentants des bénéficiaires.
Chacune de ces catégories comprend obligatoirement au moins un représentant des chemins de fer secondaires d'intérêt général, des chemins de fer d'intérêt local et des tramways et un représentant des transports publics sur route de voyageurs.