Le contrôle du conseil d'administration sur l'agent comptable s'exerce notamment par l'intermédiaire d'une commission de contrôle. Cette commission comprend au moins quatre membres. Dans la limite de la moitié de ses membres, elle peut comprendre des personnes étrangères à la caisse. En aucun cas, les agents de la caisse ou d'autres organismes de sécurité sociale ne peuvent en faire partie.
La commission de contrôle est tenue de procéder, au moins une fois par an, à la vérification de caisse et de comptabilité effectuée à l'improviste. Elle présente au conseil d'administration un rapport concernant les opérations effectuées au cours de l'année écoulée et la situation de l'organisme en fin d'année. Ce rapport doit être annexé au bilan.