La commission est présidée par un conseiller d'Etat, un conseiller auprès de la Cour des comptes, un magistrat de la Cour de cassation ou un inspecteur général des affaires sociales nommé par le ministre chargé de la santé.
En cas d'absence du président, la présidence de la commission est assurée par le directeur général de la santé ou son représentant.