Pour chaque affaire, le président de la commission des recours désigne un rapporteur parmi les fonctionnaires et agents des ministères chargé de la santé et de l'action sociale.
Le président statue sur toutes les mesures d'instruction et d'enquête qui lui sont proposées par le rapporteur. Ce dernier dispose de tous les pouvoirs d'investigation auprès des administrations concernées.
Le requérant, l'autorité dont émane la décision ou les mandataires qu'ils désignent à cet effet doivent être mis à même de prendre connaissance du dossier soumis à la commission des recours.