Il est procédé, à l'initiative du préfet ou du comité départemental, à des enquêtes sur l'utilisation des fonds recueillis, soit par des fonctionnaires chargés de mission ou de fonctions d'inspection relevant des ministères de l'éducation nationale ou de l'agriculture, soit par des fonctionnaires du ministère de l'économie et des finances lorsqu'il s'agit de vérifications budgétaires ou comptables, soit par des délégués désignés par le préfet sur la proposition du comité et qui peuvent être choisis parmi les conseillers de l'enseignement technique. Les délégués doivent être porteurs d'une lettre de mission officielle.
Ces personnes sont habilités à visiter les organismes bénéficiaires, à demander communication des budgets et des comptes et à contrôler l'utilisation des ressources recueillies au titre de la taxe d'apprentissage.
Lorsque l'organisme bénéficiaire est un centre de formation d'apprentis, le comité départemental peut demander communication des rapports d'inspection établis en application des dispositions réglementaires relatives au contrôle de ces centres.