Le fonctionnement financier et comptable de l'institut s'exerce dans les conditions prévues par le décret du 29 décembre 1962 susvisé.
Un arrêté conjoint des ministres exerçant la tutelle de l'institut et du ministre chargé du budget précise en tant que de besoin les modalités du fonctionnement financier de l'institut. Des comptables secondaires peuvent être nommés par le président de l'institut sur proposition de l'agent comptable.
Des régies de recettes et d'avances peuvent être instituées conformément au décret n° 92-681 du 20 juillet 1992 relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics.