S'agissant des matières fertilisantes et des supports de culture composés en tout ou partie d'organismes génétiquement modifiés l'autorité administrative compétente, mentionnée par l'article R. 533-1 du code de l'environnement, est le ministre chargé de l'agriculture.
L'autorisation est délivrée après avis de l'Agence française de sécurité sanitaire des aliments et de la commission d'étude de la dissémination des produits issus du génie biomoléculaire.
L'agence est consultée sur la demande d'autorisation parallèlement à la commission d'étude de la dissémination des produits issus du génie biomoléculaire et rend son avis dans les mêmes conditions.