Le juge d'instruction a le pouvoir, sur réquisitions ou après avis du commissaire du Gouvernement, de mettre en examen tout justiciable des juridictions des forces armées ayant pris part comme auteur ou complice aux faits qui lui sont déférés, ou de modifier la mise en examen lorsque ces faits doivent recevoir une qualification nouvelle emportant une peine plus grave.
Au cas de désaccord entre le juge d'instruction et le commissaire du Gouvernement, ce dernier est tenu de saisir par requête la chambre de l'instruction, qui statue conformément aux dispositions des articles L. 212-177 à L. 212-191, dans le délai de cinq jours, sauf si elle ordonne un supplément d'instruction.