L'agent en formation initiale bénéficie des indemnités de stage prévues par l'arrêté interministériel du 3 juillet 2006 susvisé relatif aux indemnités de stage. Toutefois, par dérogation, en application du dernier alinéa de l'article 7 du décret du 3 juillet 2006 précité, ces indemnités sont fixées sans dégressivité de taux, quelle que soit la durée du stage, que celui-ci soit fractionné ou non.
Lorsque l'agent est affecté sur son poste avant de suivre son stage de formation initiale, les indemnités de stage précitées ne lui sont versées que si le lieu de formation est situé à l'extérieur de sa résidence administrative et familiale.