Un secrétariat général prépare les travaux du comité et contribue à la mise en oeuvre de ses avis et propositions. Il est tenu informé des réalisations relevant du domaine de compétence du comité. Il présente chaque année au comité un rapport d'activité.
Le secrétariat général est constitué par :
- un secrétaire général nommé, pour quatre ans, par arrêté du ministre de la recherche sur proposition conjointe des ministres chargés de l'économie, de l'emploi, de l'éducation nationale et de la recherche ;
- un secrétaire général adjoint nommé dans les mêmes conditions.
Le secrétaire général, et, en cas d'empêchement de celui-ci, le secrétaire général adjoint, assiste aux réunions du comité.