La direction des affaires criminelles et des grâces comprend, outre le secrétariat du directeur, deux sous-directions :
1° La sous-direction de la justice criminelle (E), divisée en trois bureaux :
Le bureau de l'action publique (E 1) ;
Le bureau des recours, de l'exécution des sentences et de l'entraide répressive internationale (E 2) ;
Le bureau des grâces et de la libération conditionnelle (E 3) ;
2° La sous-direction de la législation criminelle (F), divisée en deux bureaux :
Le bureau de législation (F 1) ;
Le bureau du droit criminel international et européen et des études pénales (F 2).