Le juge de l'application des peines est chargé, auprès des établissements pénitentiaires situés dans le ressort de sa juridiction et dans lesquels sont détenus des condamnés, de suivre l'exécution des peines de ceux-ci, sous réserve des dispositions de l'article D. 116-2.
Il ne peut se substituer au directeur régional ou au chef de l'établissement, en ce qui concerne l'organisation ou le fonctionnement de celui-ci, mais il doit assurer l'individualisation de l'exécution de la sentence judiciaire en orientant et en contrôlant les conditions de son application. A cet effet, il lui appartient de décider les principales modalités de l'exécution de la peine, et notamment les mesures visées aux articles D. 118 et suivants suivant les distinctions prévues par l'article 722 selon la nature des mesures concernées.
Lorsqu'il n'y a pas urgence, il se prononce au sein de la commission de l'application des peines en ce qui concerne les réductions de peine, les autorisations de sortie sous escorte et les permissions de sortir.
Le juge de l'application des peines ordonne l'extraction des condamnés, soit en vue de la comparution de ceux-ci dans son cabinet lorsqu'il l'a estimé utile, soit dans les cas prévus aux articles 723-6, D. 424, D. 425, D. 455 et D. 459, soit plus généralement pour la mise en application d'une décision relevant de sa compétence. Il requiert l'extraction par les services de police ou de gendarmerie selon la distinction de l'article D. 315.