Le président de la Commission nationale de concertation est choisi en dehors des membres de la commission. Il est nommé par arrêté du ministre chargé de la construction et de l'habitation pour une période de trois ans renouvelable. En cas d'absence ou d'empêchement du président, la séance est présidée par un des vice-présidents du bureau.
Le secrétariat de la commission est assuré par les services du ministre chargé de la construction et de l'habitation. Un secrétaire général, désigné par le ministre, assiste aux réunions de la commission et du bureau.