Les compagnies et sections départementales d'hébergement relèvent du préfet du département d'implantation qui fixe leur lieu de stationnement et décide de leur emploi.
Le préfet de zone ou son délégué peut leur confier une mission dans un autre département de la région ou de la zone. Dans ce cas, elles relèvent pour l'emploi du préfet territorialement compétent.